Berdirinya Masjid Bayt Al-Quran tidak lepas dari keberadaan Pondok Pesantren Pasca Tahfid Bayt Al-Quran. Sebelumnya, asrama Pesantren Bayt Al-Quran ini berlokasi di Vila Bukit Raya Pondok Cabe, berjarak beberapa ratus meter dari tempat semula. Pada tahun 2017, ketika Pesantren berpindah tempat di Southcity Selatan. Saat itulah Masjid Bayt Al-Quran mulai dibangun.
Dengan berjalannya kegiatan pesantren dan masjid dalam satu instruksi, menjadikan keduanya saling bersinergi satu sama lain. Adanya keterkaitan antara masjid dengan pesantren, berdampak positif pada pelayanan para jamaah yang datang ke masjid dan juga sebagai sarana bagi santri untuk membekali kompetensi diri.
Pesantren Bayt Al-Quran merupakan sebuah Pondok Pesantren yang didirikan oleh Ali Ibrahim Assegaf sekaligus sebagai program dalam naungan Pusat Studi Al-Quran yang didirikan oleh M. Qurasih Shhab. Pesantren yang kegiatannya fokus pada pembelajaran tafsir dan pemahaman nilai-nilai Al-Quran ini sasarannya adalah santri atau asatidz yang sudah menyelasaikan hafalan Al-Quran 30 Juz yang dikarantina selama 6 bulan untuk memperdalam berbagai Ilmu Al-Quran.
Kegiatan utama santri Pascatahfid adalah pembelajaran di kelas bersama Para Ahli yang berasal dari Dewan Pakar Pusat Studi Al-Quran, Pengasuh Pondok Pesantren, Guru Besar dan Dosen Senior dari beberapa Perguruan Tinggi Agama Islam. Selain materi-materi ilmu Al-Quran, para santri juga dibekali dengan soft skill berupa kewirausahaan dan materi penunjang lainnya.
Selain kegiatan di kelas, Santri Pascatahfid Bayt Al-Quran juga menjadikan Masjid Bayt Al-Quran sebagai pusat kegiatan seperti kajian, halaqoh, kultum dan Publik Speaking, setor hafalan dan murjaah, dll. Sehingga suasana masjid dan pesantren pascatahfid yang berbaur dengan para jamaah menjadikan masjid bernuanasa pesantren qurani yang secara tidak langsung menanamkan nila-nilai Al-Quran kepada masyarakat dan jamaah.
Baik Masjid Bayt Al-Quran maupun Pesantren Bayt Al-Quran, keduanya merupakan serangkaian yang tidak bisa dipisahkan. Masjid yang digunakan sebagai pusat kegiatan santri Bayt Al-Quran sekaligus melayani jamaah dan masyarakat secara luas dalam berbagai praktek ubudiyah.